故事延续上部结局，李家俊背后更大的势力逐渐浮出水面，香港各部之间的权力制衡更加紧张，再掀巨大波澜这一部讲述了经过寒战行动后，刘杰辉虽然升任警务处处长，但昔日的凶徒不仅逍遥法外，甚至要将行动进一步的升级绑架他的妻儿，而他也发现身边的同僚们也在玩着权力的游戏。

刘青云、吴镇宇担纲主演的这部黑社会动作片，背景为治安混乱、警匪勾结、警察贪污严重的香港旧时代，生动地反映出当时黑势力猖獗、道德沉沦的社会风貌刘和吴原来是一对沙煲兄弟，自小一同在九龙城寨长大。然而在那个混乱的时代，二人分别成为路数不同的黑老大和警长。两人为生存不择手段，刘甚至为讨好吴而出卖自己的爱人朱茵。两人爱恨纠葛的关系，到香港ICAC成立时终于一发而不可收拾……

华弟（刘德华 饰）是一个黑道的小混混，喜欢从飚车中得到快感，整天骑着电单车。他在极不愿意的情况下做了一宗抢劫案，警方怀疑他实施追捕，他挟持了富家女Jojo（吴倩莲 饰）出走，没想到他们不管悬殊的身份地位，很快爱上了对方。Jojo不管家里人的反对跟着华弟出走。华弟后来更遭到了黑道老大的追杀，两人亡命天涯。

从警十七年之久的王伟业（吴彦祖 饰），因为童年和家庭的原因，内心极度不安的他同时秉持着绝对的正义感，以致于其待人接物过程中矫枉过正，与同事交流多有不畅。在驻守急诊室的某个夜晚，伟业为某个急需稀有血型的重伤患者输血，谁知对方是作恶多端的银行抢劫团伙鬼王党的头目韩江（张家辉 饰）。伟业因此受到同事的谴责，而不久后韩江还偷偷溜走，旋即率领同伙犯下滔天大案，伟业的同事更在交火中火焚而亡。人在做，天在看，彪悍跋扈的韩江也从没想过自己会被欲望无情吞噬。另一方面，伟业的精神状况愈加令人堪忧，他拒绝接受心理辅导，宛如鬼魅一般执着地追踪韩江的同伙。

1991年，香港黑帮三合会会员刘健明（刘德华）听从老大韩琛（曾志伟）的吩咐，加入警察部队成为黑帮卧底，韩琛许诺刘健明会帮其在七年后晋升为见习督察。1992年，警察训练学校优秀学员陈永仁（梁朝伟）被上级要求深入到三合会做卧底，终极目标是成为韩琛身边的红人。2002年，两人都不负重望，也都身背重压，刘健明渐想成为一个真正的好人，陈永仁则盼着尽快回归警察身份。

余文慧（关之琳 饰）和未婚夫（仇云波 饰）都是知名律师，过着上流人的生活。某日，游龙（甄子丹 饰）来律师事务所办理离婚时目睹了一宗劫案，一大笔美金不翼而飞，另一个目击者就是他太太的律师余文慧。由于误会，大伟和余文慧被警察当作了劫匪通缉，另一边真正的劫匪也没拿到这笔巨款并 怀疑是大伟和文慧二人私吞，也派人追杀他们。二人腹背受敌、百口莫辩，在逃难的过程中，文慧渐渐看清了未婚夫的真面目，同时对大伟另眼相看，真相终于揭开……谁是真正的幕后黑手？大伟和文慧能洗清自己并走到一起吗？

马会的球赛博彩操盘手被独行杀手（周渝民 饰）杀害，目击证人竟是廉署首席调查主任陆志廉（古天乐 饰），因为他正与另一调查主任王曼玲（蔡少芬 饰）调查幕后操盘手重案组督察刘保强（张智霖 饰）随后介入案件调查，却与陆志廉心生嫌隙。根据线索，警方得知香港非法赌球幕后有一个大庄家叫华老师（卢海鹏 饰）；同一时间马会保安经理伦添源（林保怡 饰）被杀。杀手原来受聘于国际犯罪集团首脑，该首脑操控了欧洲的球赛赛果，跟香港的搭档合作从中获利，而他的搭档，正是马会的董事（石修 饰），正将继任马会主席。两支纪律部队由开始时的互不信任，到最后发展出默契，誓要将集团连根拔起……

讲述了落魄编剧钟正（张建声 饰）孤身涉险进入赤浪湾监狱，寻找祖辈宝藏的故事。在监狱中，他一方面遭遇到狱霸大彪哥（陈保元 饰）的压迫，一方面也被重情重义的蟹哥（吕良伟 饰）所保护。宝藏计划意外泄漏，致使三人关系变得扑朔迷离，而在经过一番博弈之后，他们决定开启“越狱行动”，合力将宝藏运出监狱。巨额宝藏带来的究竟是兄弟情谊还是纷争？

三十岁上的阿搏（周润发 饰）心地善良，可惜事业一事无成，长年与痴迷茅山道术的表姐金花（叶德娴 饰）相依为命，身边只有一个聋哑的昔日江湖兄弟“六尺三”跟随。某日，阿搏在一只古旧家具中发现女鬼魏小蝶（钟楚红 饰）的求助信，遂奉献三年阳寿与小蝶结为鬼夫妻，以助其脱离阴婚羁绊。魏小蝶回阳世报恩，却被阿搏误会为落难大陆妹并再次搭救。阿搏女友阿美（王小凤 饰）厌倦清苦生活频频出轨，终于弃阿搏而去，小蝶现身安慰，填补了阿搏的情感缺失，看穿小蝶女鬼身份的金花施法捉鬼，但终于被小蝶的诚意打动，反而帮助小蝶延长在阳世逗留的时间。阿美离开阿搏后生活并不如意，要求复合被阿搏拒绝后愤而自杀，化作厉鬼寻仇……

香港出现神秘自杀事件, 死者在手机视频直播下自焚而死，而在场唯一的目击者却坚称自己当时失去了记忆，并且否认与自杀事件有关。警察重案组接手调查, 所有证据都指向目击者是自编自导自演， 教唆他人自杀的真凶。由于自杀视频的流出，造成公众恐慌，警队高层希望在证据确凿之下尽快结案，以释公众疑虑，但唯独督察黄一聪觉得事有蹊跷。一聪在请示上司后，决定再次对事件展开调查......

六、七十年代的香港，警察贪污，黑道横行，正是陈华（刘青云饰）与喇叭（林家楝饰）、猫仔（张晋饰）及一班兄弟最风光的日子。

滾筒（譚耀文 飾）、建天（栢天男 飾）、刀疤（張建聲 飾）和浩正（張繼聰 飾）經歷上一次逃獄之後，性格和處事上也改變不少，眾人也安份守己，希望能盡快完成監禁，這令監獄內得到久違了的平靜。年青企業家賀俊（吳卓羲 飾）被控教唆他人犯罪，暫時要還押候審，雖然三個月後才開庭審訊，但一向高高在上的賀俊不慣低頭活於人下，於是貫徹在商界以錢能解決問題的理念，成功利誘獄中兩大勢力，滾筒和刀疤的手下投靠他，將監獄形成一個以賀俊獨大的新局面。 賀俊得知案件有新証人指控自己，面臨被判終身監禁，於是以巨額利誘曾經逃獄的滾筒、建天、刀疤和浩正協助逃獄，並承諾會安排各人一起潛逃到泰國。奈何眾人心態改變，不為錢所動，為家人、為義氣，堅拒為錢順從賀俊，使賀俊不惜以各人的弱點作威脅，用手段迫使眾人答應，各人在無奈之下就範⋯⋯